施用方法
1.育苗：
采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧土中堆置3天，再装入育苗盘和做育苗订。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。
2.基肥(底肥)：
生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用做基肥时，在施用有机肥条件下，应将生物菌肥与有机肥按1：500-1.5：500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3—5天，中间翻捣一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄;如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土。在水田或旱田也可均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下曝晒。
3.口肥(种肥、埯肥、抓把粪)：
在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或埯播作物做种肥使用，刨埯后将拌有细土的生物菌肥施于埯中，再点种;机播时可将拌有细土或有机肥的菌肥放入施肥箱中，使开沟、施菌肥、播种、覆土、镇压等作业一次性完成。施用菌肥做口肥，要注意与化肥分开用。
4.拌种：
先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀粘满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下曝晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子大小有关，烟草等小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就要多一些，拌有菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中微生物。
5.蘸根：
各种作物苗木在移栽之前，先将生物菌肥加一些细土，再对适量水搅拌成糊状泥浆，移栽时，将作物苗木的根部在泥浆中蘸一蘸，根部粘满生物菌肥泥浆后，再移栽，移栽完之后，将剩余泥浆加水稀释后浇灌在根部，相当于移栽后的浇水。水渗下后覆土。
6.灌根：
用生物菌肥做追肥时，一般可采用灌根施用的方法。具体做法是将1千克生物菌肥加200-300千克水，配成菌肥溶液。在作物根系旁刨坑后，将菌肥溶液浇入坑内，水渗完后覆土。果树追肥时要在根盘外缘挖施肥沟，进行灌根，渗完后即覆土。
7.喷施：
也是一种用于追肥的施用方法。将生物菌肥先用少量水浸泡4-6小时，然后再加水进行搅拌，搅拌后用较细目布或尼龙纱网布过滤，将滤清液喷施在作物叶背面和果实上。整个生育期中，根据作物生长情况结合作物营养临界期和最大效应期喷施2-3次。喷施时间最好在傍晚或无雨的阴天。喷施追肥的方法适用于疏菜和密播作物。喷施有明显增产效果，但效果一般要低于土壤施用效果。以土壤施用与喷施相结合效果更好。